Les scientifiques seraient ils des parangons de vertu ? Comment et pourquoi les imposteurs travestissent la vérité en la parfumant de sciences et de techno-science ? C’est à ces questions que répond clairement Michel de Pracontal dans un ouvrage (ici ré-édité) publié, pour la première fois, il y a plus de 20 ans. Dans sa version de 2001, en quelques 332 pages le journaliste scientifique oeuvrant pour le Nouvel Observateur et Mediapart (son blog est totalement recommandable) réalise un manuel de référence pour tout zététicien qui se respecte. Certes, ce manuel abordant Rika Zaraï, l’astrologie, l’homéopathie, l’affaire Baltimore, les oeuvres de moult scientifiques peu vertueux inventeurs de données frelatées tel un Cyril Burt, d’ imposteurs en herbe et de gourous scientistes avides, est parsemé d’humour grinçant, sardonique mais il est avant tout, même avec quelques maladresses, une ode à l’esprit critique utile à tous. Le livre est structuré en manuel avec un exercice en fin de chapitre permettant d’aiguiser son esprit critique et de se détacher de l’autorité scientifique qui va de soi… Les cas abordés sont pléthoriques, couvrent tout le spectre de l’escroquerie intellectuelle et scientifique… le lecteur peut être troublé ou amusé de voir mis sur le même plan l’astrologue et le physicien peu scrupuleux. Or l’origine de la fraude et la manière dont elle est crédibilisée ne sont pas les mêmes… le profane peut s’y perdre un peu.
Voici le quatrième de couverture : « Plus de 50 % des Français croient à la transmission de pensée et à la guérison par magnétiseur, près de la moitié fait confiance à l’astrologie, 35 % aux rêves prémonitoires. De l’horoscope sur Internet au phénomène « X-Files », de la mémoire de l’eau aux « paramédecines », de la réincarnation aux « expériences NDE », la patrie de Descartes se passionne plus que jamais pour l’irrationnel. Le progrès des sciences et des techniques s’accompagne d’un essor des pseudo-sciences et des fraudes scientifiques. Des savants renommés accréditent la téléportation et le voyage dans le temps. Des autodidactes inventifs proposent des théories « alternatives » à celles de Darwin et d’Einstein.
Loin d’être marginale, l’imposture scientifique est devenue une nouvelle norme intellectuelle. Baigné d’ondes positives, planant au-dessus des basses arguties de la raison, l’homme nouveau du xxte siècle goûtera-t-il le vrai bonheur ? Pour s’y préparer, voici l’indispensable manuel du pipeau et de la baliverne. Cet ouvrage vivant et didactique remet (totalement) à jour sa première édition, publiée en 1986. L’honnête citoyen comme l’apprenti charlatan y trouveront tous les conseils utiles, illustrés d’exemples concrets et d’anecdotes captivantes.
Le lecteur s’instruira en s’amusant, et apprendra comment départager le vrai du faux dans une culture surmédiatisée, régie par la dictature du marché et de l’audimat. Quand l’impact du message finit par l’emporter sur son contenu, le réel s’affaiblit. L’univers orwellien de 1984, où le charbon est blanc et où deux et deux font cinq, a cessé d’être une pure fiction. Contre un tel danger, la dernière arme est peut-être l’humour
Michel de Pracontal, 46 ans, est titulaire dune maîtrise de mathématiques et d’un doctorat en sciences de l’information sur la vulgarisation scientifique. Journaliste scientifique depuis vingt-deux ans (depuis 1990 au Nouvel Observateur), il est l’auteur de Les Mystères de la mémoire de l’eau (La Découverte, 1990) et de La Guerre du tabac (Fayard, 1998). » (table des matières).
Ce manuel est à placer entre le « petit cours d’autodéfense intellectuelle » de Normand Baillargeon et « gourous, sorciers et savants » de Henri Broch, deux ouvrages qui feront l’objet de chroniques futures.
De retour sur les chemins de traverses pour aborder un sujet qui est finalement assez peu développé dans le monde scientifique latin : la fraude (le puritanisme anglo-saxon oblige à s’intéresser de près à tout manquement à la morale…scientifique). Evidemment il semble utile de définir les contours de ce qui est considéré comme une fraude scientifique. Le chercheur dans le champ scientifique est en quête de vérité en vue de permettre une accumulation de savoir fiable disponible pour l’ensemble de la communauté humaine. Tout manquement (volontaire ?) à l’obligation de loyauté face à la vérité scientifique peut être considéré comme frauduleux. Ainsi, ces fraudes majeures peuvent être classées en trois grandes catégories :
– la fabrication de données
– la falsification de données
– le plagiat
Ces catégories constituent la zone « noire », avec une prévalence certainement faible, un grand nombre de faits peuvent quant à eux, être plus difficiles à classifier et caractériser, c’est ce que l’on classe dans la zone « grise ». A titre d’exemples, les publications « salami », les co-signatures honorifiques, les soumissions multiples semblent quant à eux des actes beaucoup plus fréquents.
Il existe assez peu d’études descriptives et analytiques sur la thématique de la fraude scientifique. Martinson et al. (Nature, 2005) est une des rares études interrogeant un nombre significatif de chercheurs (distinguant les jeunes chercheurs des chercheurs confirmés). Avec cette publication que nous vous laissons le soin de lire, se trouve légèrement étendue la notion de fraude scientifique. Ainsi tombe sous la qualification de comportement frauduleux, les faits et actes suivants :
– la falsification de données
– l’ignorance des principaux aspects liés à la vie humaine (définition un peu floue)
– la non divulgation des conséquences liées à la recherche privée en lien avec un produit commercial(isable)
– les éventuelles connivences entre étudiants, sujets de recherche ou client
– l’utilisation d’idées qui ne sont pas de soi sans en avoir obtenu la permission ou sans nommer la paternité de celles-ci
– l’utilisation non autorisée d’informations confidentielles dans le cadre de ses propres recherches
– omettre de présenter des données qui contredisent ses propres recherches antérieures
– contourner certains aspects mineurs des exigences liées à l’homme comme sujet d’étude
– la surabondance d’utilisation de données erronées ou d’interprétations douteuses de données
– la modification de la conception, de la méthodologie ou des résultats d’une étude en réponse à la pression provenant d’une source de financement
– éditer les mêmes données ou les mêmes résultats dans deux ou plusieurs publications
– la rétention d’informations (particulièrement concernant l’aspect méthodologique d’une publication)
– omettre les observations ou les points de données paraissant de prime abord fallacieux (cela simplifie la démonstration finalement)
– la tenue inadéquate des dossiers relatifs aux projets de recherche (le cahier de laboratoire comme « un excellent atout juridique pour prouver une antériorité voire être une très bonne base pour la rédaction d’un brevet »)
Avant Martinson, Larivée et Baruffaldi (1993) et Swazey (1993) ont décrit, étudié et calculé des prévalences de cas de fraudes scientifiques. Larivée après avoir étudié 1000 articles de cinq grands domaines scientifiques (sciences de la terre, sciences pures, sciences humaines,sciences de la vie et sciences de la santé) détecte 230 cas de fraudes (rien que ça).
Il est temps d’aborder brièvement les raisons pour lesquelles le cherche se corrompt en flirtant avec la fraude : pression, compétitivité, besoin de performance (finalement les mêmes raisons qui poussent un cycliste à prendre des substances améliorant ses performances).
Quelques articles font état de l’exception française concernant la fraude scientifique. Souvent, dans notre pays ce problème donne lieu à des bafouilles peu audibles, peu étayées… un exemple de cet état de fait peut être porté par le document sonore d’une intervention d’Alain Prochiantz au Collège de France (autant demander à un cyclisme de faire une conférence sur le dopage).
Les exemples de fraudes scientifiques sont malgré tout à la fois légions, les exemples de collusions aussi. Quelques articles aux graphes repris de multiples fois (l’un des plus utilisé est présenté ci-contre) tendent à démontrer que le nombre d’article retirés explose sans réellement chercher à comprendre si ceux-ci sont retirés du fait de l’efficacité de la censure des comités de lecture ou si les chercheurs fraudeurs amateurs sont de plus nombreux à éprouver le système…
Les études où les conclusions sont dictées par l’inclination d’un chercheur pour son financier sont très fréquentes dans la littérature et certainement sur-représentées sur internet (nous pouvons exhumer l’article de Nature de 1988, Human basophil degranulation triggered by very dilute antiserum against IgE (abusivement associée à « la mémoire de l’eau » cet article d’un chercheur financé par Boiron, crédite en partie le modèle de dilution pratiquée en homéopathie).
Les chartes d’éthique telles que celle de l’Institut Pasteur à Paris constituent un garde-fou nécessaire mais insuffisant. En effet, ce type de chartes sont incitatives rarement coercitives. Finalement, face à la possibilité de tricher avec la vérité, le chercheur est face à sa conscience.
La fraude scientifique peut avoir des conséquences directes, en effet, la réputation des chercheurs porteurs d’un projet est en lien direct pour les bailleurs de fonds (particulièrement pour ce qui concerne les fonds publics) avec la qualité de leur propre recherche. Le plus grave sont les conséquences de la fraude sur la science elle-même, l’exemple cité par Serge Larivée est relativement saisissant : « la fraude peut en outre affecter le travail d’autres chercheurs qui auraient construit tout un corpus de connaissances à partir de données frauduleuses. Le cas relativement récent de Gupta est à cet égard exemplaire. Avec 124 autres chercheurs, ce paléontologue de l’Université de Chandigarh, au Penjab, a publié de 1969 à 1988 près de 450 articles sur l’étude des fossiles de l’Himalaya, dont 300 sont soit truffés d’anomalies et d’invraisemblances, soit de pures fictions. Certains soutiennent que cette fraude porte peu à conséquence dans la mesure où la plupart des géologues spécialistes de l’Himalaya ne tenaient plus compte des publications de Gupta depuis belle lurette. Par contre, les chercheurs qui avaient intégré de bonne foi les «découvertes» de Gupta dans leur corpus de connaissances ont été lourdement escroqués puisqu’ils sont maintenant en possession de données inutilisables. » Bien évidemment, une autre conséquence de ce type de fraudes, trouvant échos à raison dans les médias, ont des conséquence sur la santé humaine. Imaginons (toute ressemblance avec un épisode faisant intervenir un médicament du laboratoire Servier est fortuite) que des scientifiques soient amenés à cautionner frauduleusement un médicament en masquant la toxicité d’une molécule… imaginons que des études sur l’incidence des ondes émanant de téléphones sur la santé humaine soient financées par un fabriquant de téléphones portables (à ce jour une dizaine d’études de ce type sont recensées)… le conflit d’intérêt étant bien entendu au cœur de nombreuses fraudes de grande ampleur.
Le scientifique face à ce type de choix : négocier sa carrière ou atteindre la vérité (ce pourquoi il fait ce métier) peut se corrompre en oubliant que l’on ne négocie pas avec la vérité qui a une exigence de sincérité. L’exigence prime sur l’excellence !
Ce type de données peut (vous) permettre d’évaluer la technologie (taux d’erreur, profondeur…) de séquençage haut-débit d’une part. D’autre part ces données peuvent servir afin d’évaluer les logiciels d’assemblage tels que ceux que nous possédons (DNastar, CLC genomic workbench, Partek…) pour des reads issus de PGM (Ion Torrent).
- Accès au jeu de données librairie DH10B au format sff (compressé)
- Accès à la référence, génome annoté de DH10B
- Accès au rapport de run au format pdf
- Accès au Library Sequence (FASTQ)
Vous trouverez ci-dessous une partie du rapport de run relative à la qualité des reads générés et alignés sur le génome de référence à l’aide de la suite Ion Torrent version 1.4.1
Ce run a été réalisé sur une puce 314, consommable fourni pour 10 Mbases de séquençage brut (ici nous dépassons les spécifications, 32.99 Mbases séquencées, même si le présent run est considéré comme assez moyen par rapport aux résultats précédemment obtenus). Malgré tout, il est possible de couvrir un petit génome à plus de 4X à des coûts imbattables (pour l’instant)!
Le contenu scientifique a bien souvent besoin d’être traduit et la démarche du chercheur nécessite d’être expliquée (nous ne sommes pas très loin des notions d’éthique). La vulgarisation peut parfois être un outil permettant d’éveiller l’opinion qui, de ce fait peut s’en faire une, ou à rebrousse poil, elle peut être une méthode visant à la rassurer. Nous pouvons lire et relire les méthodes employées par Edward Bernays pour transformer le citoyen en consommateur.
La biotechnologie alimente les peurs par ce qu’elle peut engendrer dans un laboratoire et qui échapperait au contrôle citoyen dès lors que l’invention devient produit, par exemple. Cet article est l’occasion d’écouter un exemple de vulgarisation scientifique : l’émission de Là-bas si j’y suis (excellente émission du service public, sur France Inter), du vendredi 15 décembre 2006, » Leçon de choses : Les OGM « .
Dans cette émission Christian Vélot explique avec un magnifique esprit de synthèse ce que sont les OGM, dans son Laboratoire de recherche en Génétique Moléculaire, à Orsay. Christian Vélot est un lanceur d’alerte, un exemple de libre chercheur, libre penseur qui a réussi à faire sortir la science de son laboratoire pour l’amener dans le champ du débat… une nécessité absolue surtout s’agissant des applications biotechnologiques. L’intervention de Christian Vélot, dans l’émission de Daniel Mermet est un modèle du genre, en effet bien que techniquement imparfaite, elle incite l’auditeur à prendre du recul et à aller se documenter sur le sujet en le dépassionnant, en évitant l’ornière des sempiternels poncifs. De la connaissance naît la curiosité qui enrichit l’argumentation, essence de toute opinion et l’accès à ces arguments est la voie vers la décision et donc vers… la démocratie.
Il s’agit d’une application rendue possible grâce à Google Map et hébergée sur un blog du Pallen Research Group. Cette application permet de connaître (en partie, car il s’agit d’un recensement sur déclaration volontaire des utilisateurs) des lieux où sont implantées les différentes technologies de séquençage haut-débit.
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.Catégories
- Analyse de données (14)
- Automatisation (5)
- Bioinformatique (27)
- Biologie (56)
- biologie transverse (35)
- Biotechnologie (30)
- Chronique littéraire (8)
- Comparatif (6)
- Diagnostic (8)
- Economie (17)
- Epidemiologie (2)
- Evénement (17)
- Formation (3)
- Gestion de projet (5)
- Grille de calcul (1)
- Intégration (5)
- Logiciels (8)
- Médecine (14)
- politique de la recherche (17)
- Recherche (21)
- Séquençage (70)
- Séquenceur (39)
- Uncategorized (25)
- Workflow (4)
Accès rapide aux articles
- Covid-19 : zoom sur les vaccins
- Comment l’ADN pourrait être le stockage de données du futur
- COVID-19 : la data visualisation au service de la science
- COVID-19 : des explications et un point d’étape au 20 février 2020
- Pour mettre du vin dans son eau
- Des petits trous, toujours des petits trous…
- Qui serait candidat ?
- Un robot pour analyser vos données…
- Monde de dingue(s)
- L’art et la manière de développer une qPCR
- Un MOOC Coursera sur le WGS bactérien
- Chercheurs & enseignants-chercheurs, l’art du multitâche.
- Un jeu de données métagénomiques
- Facteur d’impact
- Microbiote & smart city : juxtaposition de tendances
Accès mensuels
- février 2021 (1)
- décembre 2020 (1)
- février 2020 (2)
- septembre 2019 (1)
- avril 2018 (2)
- décembre 2017 (1)
- novembre 2017 (2)
- juillet 2017 (2)
- juin 2017 (5)
- mai 2017 (4)
- avril 2017 (3)
- mars 2017 (1)
- janvier 2017 (2)
- décembre 2016 (3)
- novembre 2016 (4)
- octobre 2016 (2)
- septembre 2016 (2)
- août 2016 (3)
- juillet 2016 (2)
- juin 2016 (4)
- mai 2016 (3)
- mars 2016 (1)
- novembre 2015 (2)
- avril 2015 (1)
- novembre 2014 (1)
- septembre 2014 (1)
- juillet 2014 (1)
- juin 2014 (1)
- mai 2014 (1)
- avril 2014 (1)
- mars 2014 (1)
- février 2014 (3)
- janvier 2014 (1)
- décembre 2013 (5)
- novembre 2013 (2)
- octobre 2013 (2)
- septembre 2013 (1)
- juillet 2013 (2)
- juin 2013 (2)
- mai 2013 (4)
- avril 2013 (2)
- mars 2013 (1)
- février 2013 (3)
- janvier 2013 (2)
- décembre 2012 (2)
- novembre 2012 (2)
- octobre 2012 (2)
- septembre 2012 (2)
- août 2012 (1)
- juillet 2012 (3)
- juin 2012 (5)
- mai 2012 (5)
- avril 2012 (6)
- mars 2012 (6)
- février 2012 (8)
- janvier 2012 (6)
- décembre 2011 (5)
- novembre 2011 (6)
- octobre 2011 (6)
- septembre 2011 (7)
- août 2011 (5)
- juillet 2011 (8)
Pages