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"Evénement"
Le premier MOOC, en français, ambitieux, pour tous les botaniques en herbe… du néophyte au plus confirmé. Ce MOOC s’est ouvert le lundi 05 septembre 2016, dans cette première session (il y en aura d’autres), pour une durée de 7 semaines. Des semaines durant lesquelles vous pourrez collectionner des badges synonymes de votre épanouissement culturelle au sujet des plantes. Vous pouvez accéder directement au MOOC de Tela Botanica en cliquant sur la capture d’écran ci-dessous.
La plate-forme Bilille organise le 23 juin 2016 une journée scientifique pluridisciplinaire sur le thème de l’analyse bioinformatique des données de métagénomique.
Cette journée aura lieu à l’amphi Buttiaux de l’Institut Pasteur de Lille.
Le programme préliminaire et le formulaire d’inscription sont disponibles sur le site de la plateforme:
https://wikis.univ-lille1.fr/bilille/metagenomique2016
Date limite d’inscription: 17 juin (l’inscription à cette journée est gratuite, mais obligatoire).
Ces journées s’adressent aux chercheurs, ingénieurs et doctorants en biologie, bioinformatique et biostatistiques. Les exposés sont conçus pour être accessibles, ouverts et favoriser la discussion.
Plutôt bien réalisée, voici la campagne d’Illumina pour le lancement de son nouveau séquenceur le NextSeq500, un nouveau séquenceur de paillasse. Ce dernier né des séquenceurs SBS est capable de délivrer de 16 à 120 Gb, selon les modes de séquençage, avec des spécifications permettant d’envisager le séquençage par run de 16 exomes ou 20 transcriptomes ou encore 1 génome humain (à plus de 30 X de profondeur). Quoi qu’il en soit, ce nouveau venu et la campagne marketing qui en résulte, visent à populariser, démocratiser encore et toujours le séquençage pour mieux inonder le marché, c’est parti avec cette publicité…
L’un des pionniers des séquences nucléique et protéique est décédé, il y a peu, le 19 novembre 2013, à l’âge de 95 ans. Il avait commencé sa thèse en octobre 1940 avec pour projet de rechercher une protéine consommable purifiée d’herbe (relativement abondante dans le royaume de Georges VI). C’est, au final, sous la direction d’Albert Neuberger (qui avait fuit l’Allemagne avec l’arrivée d’Hitler au pouvoir) que Frederick Sanger devient docteur en 1943.
Les deux hommes se respectaient, à propos de « son maître » Albert, Frédérick Sanger avait déclaré : « c’est Neuberger, qui le premier, m’a appris à faire de la recherche, à la fois techniquement et comme un mode de vie, et je lui dois beaucoup. »
L’homme qui a donné son nom à une technique de séquençage des nucléotides ouvrant la voie à un pan entier d’une science, à un institut de recherche (le Wellcome Trust Sanger Institute) employant plus de 900 personnes est une fierté (jamais anoblie) de l’empire britannique : une des quatre personnes à avoir reçu deux prix Nobel (prix Nobel de chimie). Son premier prix Nobel de chimie pour le séquençage de l’insuline (1958) sanctionne un travail de 10 ans. Rejoignant Crick (le penseur), au laboratoire de biologie moléculaire du Conseil médical de la Recherche à Cambridge, Sanger (le fonceur) se met à développer une technique de séquençage de l’ADN. Ce travail lui apportera son second prix Nobel en 1980.
« Quand j’étais jeune, mon père me disait que les deux activités les plus intéressantes dans la vie sont la recherche de la vérité et de la beauté, et je crois qu’Alfred Nobel a dû ressentir la même chose quand il a donné ces prix pour la littérature et les sciences.«
Un document reprenant le nécessaire à savoir sur l’oeuvre de Frederick Sanger (réalisé par Richard Daniellou, Enseignant-chercheur, ENSCR) est disponible au format pdf.
L’image en tête de cet article est issue d’un portrait de Frederick Sanger réalisé par Paula A. MacArthur (huile sur toile : 1991, collection: National Portrait Gallery de Londres).
Et voici le programme en anglais:
9H00 Registration / coffee
9H15 Introduction of the day
9H30 KEYNOTE LECTURE 1: Joris Veltman (N): EXOME SEQUENCING IDENTIFIES DISEASE CAUSING DE NOVO MUTATIONS, Department of Human Genetics – Radboud University Nijmegen Medical Centre – Nijmegen, The Netherlands
10H15 Jean Muller (F): MULTI-GENE RESEQUENCING FOR MOLECULAR DIAGNOSIS OF OBESITY, Integrative Genomics and Bioinformatic Laboratory (IGBMC) – Genetic Diagnostic Laboratory – Strasbourg, France
10H45 Coffee break
11H15 Amélie Bonnefond (F): NEW TECHNOLOGIES IN GENE RESEQUENCING AND IN METHYLOME ANALYSIS, Department of Genomics and Metabolic Diseases – CNRS UMR8199 & Institut de Biologie de Lille – Institut Pasteur – Lille, France
11H45 Didier Goidin (F): LAST DEVELOPMENT OF AGILENT NGS SOLUTIONS, Agilent R & D – Les Ulis, France
12H15 Sean Humphray (UK): SEQUENCING FOR GENOMIC MEDICINE, Illumina R & D – Chesterford, United Kingdom
12H45 Lunch
14H00 Ludovic Dupont (F): FRENCH FOUNDATION FOR RARE DISEASES: STRUCTURE, MISSIONS, ACHIEVEMENTS AFTER ONE YEAR OF EXISTENCE French Foundation for rare diseases – Paris, France
14H15 KEYNOTE LECTURE 2: Nicolas Lévy (F): THE GENOMICS AND POST GENOMICS OF RARE DISEASES: THE PROGERIA CASE, Department of Medical and Development Genetics Inserm U910 Faculté de médecine de la Timone & Department of Medical Genetics – Hôpital d’enfants de la La Timone – Marseille, France
15H00 Wim Van Criekinge (B): NEXT GENERATION EPIGENETIC PROFILING, Center in Pharmaco(epi)genomics NXTGNT (www.nxtgnt.com) Department of Mathematical Modelling, statistics and Bioinformatics – Ghent University – Gent, Belgium
15H30 Alexandra Lespagnol (F): TARGETED HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING FOR SOMATIC ANALYSIS ON FORMALIN-FIXED, PARAFFIN- EMBEDDED (FFPE) TUMOR SAMPLES, Plateforme Hospitalière de Génétique Moléculaire des Cancers, CHU Pontchaillou – Rennes, France
16H00 Coffee break
16H30 KEYNOTE LECTURE 3: Jacques Beckmann (S): COPY NUMBER VARIANTS AND THEIR ROLE IN DISEASES
17H15 Conclusive remarks
L’Ion Torrent™ Mini Lab sera à Lille
le 20 Juin 2013
14h00-16h00
Parking du Campus Institut Pasteur de Lille
1 rue du Pr. Calmette
59000 Lille
Métro Ligne 2, Station Grand Palais
Flyer : une mini, un Ion Torrent dedans…
Société Française de Microbiologie, le Vendredi 17 Mai 2013, vous propose un colloque ayant pour thème central : les nouvelles méthodes de détection des micro -‐organismes : PCR/ESI-‐TOF MS, séquençage de nouvelle génération.
ASIEM, 6 Rue Albert de Lapparent, 75007 Paris (Métro Ségur, ligne 10)
L’intégralité du programme est disponible (ici, au format pdf) : les représentants des 3 fournisseurs de séquenceurs de paillasse de 2ème génération (Roche, Life et Illumina) y seront présents avec des interventions regroupées en deuxième partie de matinée. Outre le séquençage haut-débit, ce colloque est l’occasion d’entendre parler de PCRs couplées à de la spectrométrie de masse comme outil de détection moléculaire.
Des informations complémentaires sont disponibles sur le site de la SFM.
Lille, le 19 décembre 2012
Le PPF Bioinformatique de l’Université Lille 1 organise une journée scientifique sur le thème de la métagénomique et des méthodes d’analyse bio-informatique et biostatistique associées : assemblage des génomes, classification et quantification des espèces, assignation taxonomique, reconstruction phylogénétique… Cette réunion s’inscrit dans la lignée des éditions 2009 et 2011 sur l’analyse des données NGS.
Les exposés se tiendront dans l’amphithéatre Butiaux, sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille (métro ligne 2, station Grand Palais).
Programme
- 10h00 : café d’accueil
- 10h20 : présentation de la journée (David Hot)
- 10h30-11h30 : Nicolas Pons, INRA Jouy-en-Josas : The potential of the new science of metagenomics in curing human complex diseases
- 11h30-12h20 : Guy Perrière, LBBE, Lyon
- 12h20-13h45 : déjeuner
- 13h45-14h35 : Frédéric Mahé, TU Kaiserslautern : TARA OCEANS, exploring worldwide marine biodiversity
- 14h35-15h25 : Mihai Pop, University of Maryland : Towards Holistic Analyses of Metagenomic Data
- 15h25-15h40 : pause
- 15h40-16h30: Jean-Jacques Daudin, AgroParisTech : Bioinformatics and Statistical challenges from the analysis of NGS-Metagenomics experiments
- 16h30-17h20 : Sara Vieira-Silva, Vlaams Instituut voor Biotechnologie
Inscriptions
La participation est gratuite, mais nous vous demandons de vous inscrire pour permettre l’organisation des pauses et du déjeuner.
Merci d’envoyer un mail à mohcen.benmounah@lifl.fr avec les informations suivantes pour le 7 décembre.
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19 decembre 2012 - journee Metagenomique
Nom:
Prenom:
Laboratoire :
Dejeuner : oui/non
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Vous retrouverez l’intégralité de ces informations sur le site du ppf : http://www.lifl.fr/~touzet/PPF/metagenomique12.html
Le réseau régional d’ingénieurs en bioinformatique de Lille et le PPF bioinformatique vous convient à une conférence :
Mercredi 28 novembre 2012, 10h30-12h, Amphithéâtre de l’Institut de Biologie de Lille, 1, rue du Pr Calmette, LILLE.
Comment diversifier les données de séquençage à haut débit pour optimiser la bioinformatique ?
Les stratégies hybrides PacBio & Roche 454/Illumina HiSeq
– Dr Christophe Meynier et Sabrina Benoussaidh – GATC Biotech France & Belgique.
« Les nouvelles technologies de séquençage (NGS) ont permis d’améliorer drastiquement la caractérisation des génomes avec la génération de séquence en haut débit et ce à faible coût. Malgré cela, l’assemblage d’un génome reste souvent problématique et diffère en fonction des technologies utilisées. En effet la qualité d’un assemblage de novo est influencée par différents facteurs inhérent à la structure intrinsèque du génome et en parallèle à la longueur des fragments, au nombre de séquences et à la qualité de ces dernières. La technologie PacBio RS fournit les plus longues séquences jamais obtenues (3500 bases en moyenne) ce qui simplifie et améliore la création de contigs.
Des études ont montré qu’en corrigeant les séquences générées par le PacBio RS avec des données issues de secondes générations de séquenceurs (Roche 454, HiSeq), nous optimisons alors les avantages de chacune de ces technologies (couverture, fiabilité des bases et longueurs des séquences). En diminuant le nombre de contigs tout en augmentant leurs tailles, les chercheurs ont désormais les outils pour obtenir des assemblages de génomes plus rapidement, à moindre coûts ou pour obtenir des informations sur des génomes partiellement séquencés jusque-là disponibles uniquement manuellement (via PCR ou marche sur l’ADN). Notre présentation montre des résultats d’assemblages obtenus avec différentes technologies, les compare et démontre l’intérêt d’association de technologies ensemble. En outre, nous discuterons également des technologies Illumina HiSeq 2000 et Roche 454 au travers d’applications spécifiques telles que le reséquençage de génomes entiers, le séquençage de transcriptomes (RNAseq) et le ChipSeq. »
Un rapide, très rapide post pour vous faire part de la mise à disposition des diapositives (au format pdf) projetées lors des présentations du séminaire : 1 an d’expériences sur le désormais célèbre séquenceur de paillasse le PGM de Ion Torrent (Life Tech).
Les diapositives sont disponibles en suivant le lien http://www.pegase-biosciences.com/?p=506
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
