From the monthly archives: novembre 2012
Lille, le 19 décembre 2012
Le PPF Bioinformatique de l’Université Lille 1 organise une journée scientifique sur le thème de la métagénomique et des méthodes d’analyse bio-informatique et biostatistique associées : assemblage des génomes, classification et quantification des espèces, assignation taxonomique, reconstruction phylogénétique… Cette réunion s’inscrit dans la lignée des éditions 2009 et 2011 sur l’analyse des données NGS.
Les exposés se tiendront dans l’amphithéatre Butiaux, sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille (métro ligne 2, station Grand Palais).
Programme
- 10h00 : café d’accueil
- 10h20 : présentation de la journée (David Hot)
- 10h30-11h30 : Nicolas Pons, INRA Jouy-en-Josas : The potential of the new science of metagenomics in curing human complex diseases
- 11h30-12h20 : Guy Perrière, LBBE, Lyon
- 12h20-13h45 : déjeuner
- 13h45-14h35 : Frédéric Mahé, TU Kaiserslautern : TARA OCEANS, exploring worldwide marine biodiversity
- 14h35-15h25 : Mihai Pop, University of Maryland : Towards Holistic Analyses of Metagenomic Data
- 15h25-15h40 : pause
- 15h40-16h30: Jean-Jacques Daudin, AgroParisTech : Bioinformatics and Statistical challenges from the analysis of NGS-Metagenomics experiments
- 16h30-17h20 : Sara Vieira-Silva, Vlaams Instituut voor Biotechnologie
Inscriptions
La participation est gratuite, mais nous vous demandons de vous inscrire pour permettre l’organisation des pauses et du déjeuner.
Merci d’envoyer un mail à mohcen.benmounah@lifl.fr avec les informations suivantes pour le 7 décembre.
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19 decembre 2012 - journee Metagenomique
Nom:
Prenom:
Laboratoire :
Dejeuner : oui/non
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Vous retrouverez l’intégralité de ces informations sur le site du ppf : http://www.lifl.fr/~touzet/PPF/metagenomique12.html
Le réseau régional d’ingénieurs en bioinformatique de Lille et le PPF bioinformatique vous convient à une conférence :
Mercredi 28 novembre 2012, 10h30-12h, Amphithéâtre de l’Institut de Biologie de Lille, 1, rue du Pr Calmette, LILLE.
Comment diversifier les données de séquençage à haut débit pour optimiser la bioinformatique ?
Les stratégies hybrides PacBio & Roche 454/Illumina HiSeq
– Dr Christophe Meynier et Sabrina Benoussaidh – GATC Biotech France & Belgique.
« Les nouvelles technologies de séquençage (NGS) ont permis d’améliorer drastiquement la caractérisation des génomes avec la génération de séquence en haut débit et ce à faible coût. Malgré cela, l’assemblage d’un génome reste souvent problématique et diffère en fonction des technologies utilisées. En effet la qualité d’un assemblage de novo est influencée par différents facteurs inhérent à la structure intrinsèque du génome et en parallèle à la longueur des fragments, au nombre de séquences et à la qualité de ces dernières. La technologie PacBio RS fournit les plus longues séquences jamais obtenues (3500 bases en moyenne) ce qui simplifie et améliore la création de contigs.
Des études ont montré qu’en corrigeant les séquences générées par le PacBio RS avec des données issues de secondes générations de séquenceurs (Roche 454, HiSeq), nous optimisons alors les avantages de chacune de ces technologies (couverture, fiabilité des bases et longueurs des séquences). En diminuant le nombre de contigs tout en augmentant leurs tailles, les chercheurs ont désormais les outils pour obtenir des assemblages de génomes plus rapidement, à moindre coûts ou pour obtenir des informations sur des génomes partiellement séquencés jusque-là disponibles uniquement manuellement (via PCR ou marche sur l’ADN). Notre présentation montre des résultats d’assemblages obtenus avec différentes technologies, les compare et démontre l’intérêt d’association de technologies ensemble. En outre, nous discuterons également des technologies Illumina HiSeq 2000 et Roche 454 au travers d’applications spécifiques telles que le reséquençage de génomes entiers, le séquençage de transcriptomes (RNAseq) et le ChipSeq. »
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
