Voici OMICtools, une initiative  française visant à aider les chercheurs dans la recherche d’outils appropriés pour leurs besoins en analyses de données ‘omiques’

https://omictools.com/

Le constat est simple : les avancées dans les domaines du séquençage, des puces à ADN, de la spectrométrie de masses ont révolutionné la recherche biologique et biomédicale. Cette explosion de données générées engendre de nouvelles problématiques et entraîne une demande toujours plus forte en analyse. Par voie de conséquence, la communauté bioinformatique/biostatistique est extrêmement dynamique en ce qui concerne la création de nouveaux logiciels/méthodes pour l’analyse de données « omiques ». L’émergence de standard dans ce contexte est plutôt complexe au vue du nombre de solutions existantes pour répondre à des problématiques précises.

OMICtools propose une base de données « curée » en accès libre de plus de 4000 solutions d’analyses. Dès le départ, depuis notre problématique d’analyse et  grâce à une arborescence à trois niveaux, nous sommes guidés pour arriver à une liste robuste d’outils répondant aux besoins.

OMICtools ne se contente pas de décrire précisément le rôle de chaque solution analytique, il liste également les bases de données associés ainsi que des liens très intéressants vers la littérature tel que des protocoles analytiques ou des comparaisons d’outils. Le fait de lier outils, bases de données et littérature est une des forces de l’outil.

Pour illustrer la navigation, si nous nous plaçons dans le cadre d’une analyse RNA-seq si nous nous posons la question simpliste (mais néanmoins essentielle)  : comment dois-je analyser mes données?  De (très) nombreuses questions sous-jacentes surgissent en même temps que des solutions :  quel outil pour aligner ou assembler? deNovo ou sur référence? S’intéresse t-on à l’épissage alternatif? à la détection de variants? à la quantification des mRNA? quelle méthode de quantification? quelle méthode de normalisation? quelle mesure d’expression différentielle? quelles analyses fonctionnelles en aval?

Pour chaque question, il existe des solutions logicielles, plus ou moins efficaces, plus ou moins fonctionnelles, mais également des comparatifs sous forme de publications qui peuvent aider aux choix. OMICtools propose donc de référencer ces solutions par problématiques en essayant de séparer le bon grain de l’ivraie (OMICtools est vérifié et mis à jour par ces auteurs).

OMICtools permet à un novice dans un domaine de rapidement visualiser les workflows d’analyse et les enjeux analytiques grâce à des schéma associés en illustration de chaque problématique (ex : schéma d’analyse metagénomiques…).

Le projet Plume (Promouvoir les Logiciels Utiles Maîtrisés et Économiques dans la communauté de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche  – www.projet-plume.org) est une initiative assez similaire initiée en 2007 et référençant plus de 1200 solutions logicielles. Le projet Plume est plus généraliste,  les fiches sont bien plus détaillées et sont en français (ce qui peut-être un inconvénient pour une portée plus internationale). Le projet Plume fonctionne toutefois en mode dégradé faute de moyen…

La publication associée à OMICtools est disponible ici : http://database.oxfordjournals.org/content/2014/bau069.long