From the monthly archives: mai 2016
Voici le fruit d’un bien joli projet : aborder, à portée d’enfants (à partir de 8 ans), l’essentiel de la microbiologie sous forme de propos scientifiques recueillis et « montés » par Florence Pinaud accompagné des illustrations de Stéphane Kiehl. En 88 pages -la moitié des pages étant dévolue aux illustrations-, ce livre tout carré, la guerre secrète des microbes, permet d’initier nos chères têtes plus ou moins blondes (parfois leurs chers parents), aux secrets qui nous habitent tous: de quoi les microbes sont ils le nom ? Les curieux trouveront des éléments relatifs à la vaccination, aux stratégies de défense mises en place par notre système immunitaire ou encore la raison pour laquelle une fourmi folle est irrépressiblement attirée par le fait d’aller grimper en haut d’un brin d’herbe afin qu’elle puisse plus aisément être ingérée par une vache saine d’esprit…
Assez brièvement, à l’aide d’un champ lexical martial, les sujets tiennent en haleine les chérubins avides de savoir. Les illustrations, quant à elles, ne sont pas à proprement parler pédagogiques mais artistiques frôlant parfois l’abstraction. Elles ne font pas simplement écho à ce qui est abordé textuellement mais elles livrent une belle poésie picturale et interprètent à elles seules le propos scientifique -le transcendent, oserait on dire ! Facultatives donc essentielles ! Très franchement, il est rare de trouver un livre aussi bien produit conciliant un propos adapté (certains appellent cela de la vulgarisation…) tout en étant exigeant, et cerise sur le gâteau, accompagné d’illustrations n’ayant pas pour objectif d’aider à la compréhension mais plutôt à nourrir un imaginaire motivant pour la compréhension de la phénoménologie d’un monde invisible peuplé de microbes, virus et autres parasites.
Journaliste dans les secteurs économiques et sociaux, Florence Pinaud a concilié les sujets très sérieux et quelques joyeuses incursions dans la presse jeunesse. Journaliste à La Tribune, elle travaille également pour Espace social européen et anime un blog sur les animaux. Auteur d’ouvrages documentaires et pratiques (Manager la génération Y, 2011, éditions Dunod), elle a publié en 2012 chez Actes Sud Junior Respecter les animaux à petits pas, La mode sous toutes les coutures, C’est mathématique !, A l’école des espions et La guerre secrète des microbes.
Oxford Nanopore Technologies (ONT) crée un nouveau marché pour le séquençage haut-débit: le séquençage (haut-débit ?) à la portée de tous et en mode tout-terrain… mais pourquoi faire ? Le principe de cette technologie a été abordé dans plusieurs de nos articles : les données produites sont constituées de longs reads (quelques milliers de bases frôlant les 10 kB de moyenne), des reads assez bruités au-delà de 10 % d’erreurs; suffisamment longs pour permettre une identification quasi-certaine mais encore trop bruité (et trop peu profond dans le format portable MinION et maintenant SmidgION) pour pratiquer un bel assemblage de novo.
Donc imaginez vous, perdu au fin fond de l’Amazonie à la recherche de cette plante évoquée par le « sorcier » de la tribu Mashco-Piro que vous venez de quitter, plante potentiellement inconnue de notre médecine occidentale… Qu’à cela ne tienne! vous marchez en quête de la dite plante, vous, votre panneau solaire, votre smartphone, vos appareils ONT (Voltrax + SmidgION). Quasi certain de vérifier in situ votre trouvaille à l’aide d’un séquençage de 3ème génération. Enfin, ceci serait parfait si l’on oublie que Metrichor (le BaseCaller d’ONT) fonctionne en ligne… (cf schéma ci-dessous)… malgré les rêves les plus fous de Google et autres Facebook le fin fond de l’Amazonie n’est pas couvert par la 4G ! On peut imaginer qu’une application pour nos téléphones intelligents devra accompagner la mise sur le marché de cette suite d’appareils pour permettre une analyse en mode stand alone.
VolTRAX, l’une des promesses d’ONT, permet d’envisager la préparation de librairies à séquencer, ceci même perdu en pleine brousse. Par exemple, les nouveaux kits développés permettent une préparation d’une librairie en une dizaine de minutes. Que vous deviez séquencer un isolat du virus Zika ou Ebola sur le terrain (la logistique et le temps sont comptés) ou que vous deviez séquencer dans votre laboratoire favori, ce type d’automates permettant de simplifier les opérations relatives à l’élaboration de librairies de séquençage est souvent bien accueillis par les techniciens qui pourront s’adonner à des activités plus pertinentes.
La plate-forme Bilille organise le 23 juin 2016 une journée scientifique pluridisciplinaire sur le thème de l’analyse bioinformatique des données de métagénomique.
Cette journée aura lieu à l’amphi Buttiaux de l’Institut Pasteur de Lille.
Le programme préliminaire et le formulaire d’inscription sont disponibles sur le site de la plateforme:
https://wikis.univ-lille1.fr/bilille/metagenomique2016
Date limite d’inscription: 17 juin (l’inscription à cette journée est gratuite, mais obligatoire).
Ces journées s’adressent aux chercheurs, ingénieurs et doctorants en biologie, bioinformatique et biostatistiques. Les exposés sont conçus pour être accessibles, ouverts et favoriser la discussion.
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
