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La confusion entre mate-pair et paired-end, tant au niveau technologique (selon qu’on lise les notes techniques d’Illumina, de Roche ou de Life) que logiciel nous a mené à rédiger, en collaboration avec Ségolène Caboche, Bioinformaticienne à l’université de Lille2, une note technique dont le contenu est résumé ci-dessous :

– Genèse de la confusion entre mate-pair et paired-end

– Descriptions les deux approches, avec un focus sur les principales technologies de seconde génération de séquenceurs

– Traitement au niveau logiciel et conseils généralistes pour l’utilisation

Le document est consultable dans son intégralité sur notre blog :

Télécharger Paired-end versus mate-pair

Bonne lecture!

Pierre Barthélémy, journaliste scientifique au monde, a publié hier sur son blog (passeurdesciences.blog.lemonde.fr) une interview de Etienne Danchin (directeur de recherche CNRS et directeur de l’EDB) qui nous parle de la nécessité  de s’extraire du dogme du « tout-génétique » pour s’intéresser plus précisément à d’autres mécanismes qui régissent l’hérédité, tel que l’épigénétique, l’hérédité culturelle  et environnementale.

Vous pouvez retrouver l’interview dans son intégralité ici :

http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2012/01/31/la-theorie-de-levolution-doit-faire-sa-revolution/

Cette interview fait suite à la publication d’une synthèse sur l’hérédité non génétique et son rôle dans l’évolution parue dans Nature Reviews Genetics en Juillet 2011 que vous pouvez consulter en intégralité ici.

Etienne Danchin n’est pas le seul à s’interroger sur la part réelle de la génétique dans les mécanismes de l’hérédité, nous vous conseillons une nouvelle fois l’excellente émission de Jean Claude Ameisen (à écouter dans ce post) qui aborde ces aspects de la transmission génétique et   non génétique, entre générations.

Principales voies transmises de génération en génération (Nature Reviews Genetics 12, 475-486 (July 2011))

L’hérédité culturelle est une composante en général peu discutée (notamment dans le domaine animal):  quelle est la part de variation phénotypique qui peut être expliquée par une transmission sociale (ou transmission par apprentissage)? A noter que le rôle de la composante culturelle dans l’hérédité a été formalisé dans les années 1970, ça ne date donc pas d’hier, mais comme toutes les composantes non génétiques impliquées dans l’hérédité elle s’est retrouvée minimisée, voire ignorée, au profit de la composante génétique.

Quoi qu’il en soit, à l’heure de l’arrivée de la 3eme génération de séquenceur haut-débit et de la génération toujours plus astronomique de données génomiques,  il est toujours bon de rappeler que le seul transfert de gènes n’explique qu’une proportion des mécanismes étudiés.

Pierre Barthélémy, journaliste scientifique à publié hier sur son blog (passeurdesciences.blog.lemonde.fr) une interview de Etienne Danchin (directeur de recherche CNRS) qui nous parle de la nécéssité de sortir du dogme du « tout-génétique » pour s’intérésser plus précisement à d’autre mécanisme qui régisse l’hériédité, l’épigénétique, l’hérédité génétique et environementale.

Vous pouvez retrouver l’interview dans son intégralité ici :

http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2012/01/31/la-theorie-de-levolution-doit-faire-sa-revolution/

Cet interview est le résultats d’une synthèse sur l’hérédité non génétique et son rôle dans l’évolution publié dans Nature Reviews Genetics en Juillet 2011 que vous pouvez consulter en intégralité ici.

Etienne Danchin n’est pas le seul à s’intéroger sur la place réelle de la génétique dans les mécanisme de l’hérédité, nous vous conseillons une nouvelle fois l’excellente émission de Jean Claude Ameisen (à écouter dans ce post).

Une revue intéressante et qui se veut exhaustive sur les conséquences de la généralisation des technologies de séquençage et les solutions/adaptations possibles, on y retrouve pèle-mêle :

– Un listing à jour (2011) des différentes plateformes dédiées à la génération de données de séquençage (Illumina, Roche, Life Technologie pour ne citer qu’eux…) et leurs spécificités;

– La description de quelques stratégies de NGS : identification de variants, séquençage d’éxome, séquençage sur des régions précises…

– Les problématiques en bioinformatiques : stockage et analyse de  données, développement de solutions logicielles adaptées…

– Les différentes analyses ainsi que des listes de logiciels pour répondre aux besoins: assemblage denovo et sur génome de référence, annotation et prédiction fonctionnelle, autant open-source que sous licence payante.

 

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