Currently viewing the tag: "GMOD"
Lors d’articles précédents nous vous avions présenté le logiciel de Workflow Galaxy, qui permet d’analyser et de visualiser toutes sortes de données biologiques à partir d’une interface simple d’utilisation.
Galaxy est en fait une brique d’une collection d’outils dédiés à l’analyse et au stockage de données biologiques : GMOD ( Generic Model Organism Database )
Le lundi 14 mai a été l’occasion pour nous d’assister à une conférence sur l’utilisation de certains des outils GMOD, dont voici les principaux enseignements :
> Le projet GMOD a pour objectif de fournir à l’utilisateur biologiste un ensemble d’outils interconnectés, libre de droit (open-source), générique (pour tous types de données biologiques) et facile d’utilisation (à travers des services Web principalement)
> Les outils GMOD sont développés (et donc installés) par des bioinformaticiens pour une utilisation par des biologistes.
> Certains outils sont indispensables à GMOD, pour la manipulation de données génomiques, c’est le cas des outils Chado et Gbrowse qui sont respectivement les squelettes pour la manipulation et pour la visualisation des données biologiques.
Le schéma ci-dessous décrit les modules et interactions présentés lors de cette journée thématique :
GMOD - Modules et interactions présentés le 14 juin
En résumé :
> Chado est un schéma générique de base de données relationnelles pour le stockage de tous types de données biologiques.
Description détaillée : GMOD-CHADO
> GBrowse est un outil de visualisation de données biologiques très puissant et certainement l’outil le plus populaire de la suite GMOD
Description détaillée : GMOD-GBROWSE
> Biomart est un outil de recherches avancées (ou requêtes complexes) pour la base de donnée relationnelle Chado
> Apollo est un module pour la correction manuelle d’annotation structurelle
Description détaillée : GMOD-APOLLO
> Tripal est une interface web développée en PHP pour interrogation de Chado
Pour aller plus loin : Détails techniques sur l’utilisation des outils GMOD :
Environnement informatique : CHADO fonctionne par défaut avec Postgres-Sql. Pour l'interfaçage avec Tripal, la solution étant développée avec PHP, il est nécessaire d'installer un serveur Web Apache. Gbrowse peut s'utiliser à partir de l’interface Tripal mais également en "stand-alone". Afin d'accélérer la visualisation des données il est vivement recommandé d'utiliser les adapteurs Bio::DB::*, soit en relais entre Chado et Gbrowse (présentés dans cet article), soit en dupliquant les informations dans les deux bases de données (la visualisation ne se connecte qu'à Bio::DB sans passer par CHADO). Intuitivement, nous privilégions la première solution qui n’entraîne pas de duplication.
Pour conclure, GMOD propose un ensemble de modules pour la standardisation des processus bioinformatique : stockage et manipulation de données biologiques, visualisation et analyses avancées (assemblage, annotation…).
L’utilisation de tels outils (open-source) va dans le bon sens pour le partage scientifique et la standardisation des processus utilisés lors de l’analyse bioinformatique. Cela n’était pas le but de la conférence à laquelle nous avons assistée mais il serait également intéressant de connaître les conditions pour intégrer ces propres outils bioinformatiques en tant que brique GMOD.
GMOD est donc intéressant si :
> vous souhaitez stocker et gérer vos données biologiques
> vous cherchez des solutions d’analyses bioinformatiques déjà développées et robustes
Les biologistes sont les utilisateurs des outils GMOD, en revanche l’installation, l’administration et la formation des utilisateurs ne peuvent échapper à l’intervention, au moins ponctuelle, d’un bioinformaticien.
Si vous projetez d’utiliser ces outils, nous vous conseillons donc dans un premier temps, de regrouper l’ensemble des acteurs, installateurs comme utilisateurs de GMOD, afin de présenter les solutions offertes par l’outil et déterminer les besoins et objectifs pour votre propre utilisation.
Le réseau régional d’ingénieurs en bioinformatique de Lille et le PPF bioinformatique organisent lundi 14 Mai 2012 une conférence sur l’utilisation des outils GMOD (Generic Model Organism Database). Cette conférence se déroulera de 13h30 à 17h30 dans l’amphithéâtre de l’Institut de Biologie de Lille.
« Le projet GMOD a pour objectif de fournir une série d’outils génériques, clé en main, pour gérer et visualiser différents types de données biologiques. »
Deux interventions sont prévues :
Olivier Arnaiz du CGM Centre de Génétique Moléculaire (UPR 3404 Gif-sur-Yvette) introduira GMOD tout en se focalisant plus particulierement sur deux outils : Chado et Gbrowse. Chado est un schéma de base de données relationnelles qui permet d’intégrer des données « omiques » (génomiques, transcriptomices, séquençages…), tandis que GBrowse est un outil permettant de visualiser des annotations sur un génome.
Joelle Amselem de l’INRA – URGI (BIOGER Versailles) présentera un outil d’annotation développé à l’URGI à partir de modules GMOD. Deux exemples concrets d’utilisation seront développés.
Pour en savoir plus, vous pouvez télécharger le programme ici.
Si vous souhaitez des informations sur GMOD, je vous invite à consulter la présentation de GMOD.
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
