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Voici un lien sur le site Molecular Biology Freeware for Windows… un lien destiné aux biologistes un peu allergiques à Linux et qui ne souhaitent pas débourser des milliers d’euros dans des logiciels qui ne peuvent s’avérer utiles que sporadiquement (pour certains).
Le site Molecular Biology Freeware for Windows est particulièrement laid mais il permet de référencer ces logiciels utiles pour bon nombre d’applications : phylogénie, alignement de séquences, etc.
L’alliance un peu paradoxale du logiciel gratuit, fiable et utile sous Windows !
Ce site-référence est pour quelques uns d’entre vous… : il classe les logiciels outils de biologie moléculaire en fonction des catégories suivantes :
A. DNA, RNA and genomic analysis
B. Plasmid graphic packages
C. Primer design
D. Protein analysis
E. Viewing three dimensional structures
F. Alignments
G. Phylogeny
H. Miscellaneous
I. Graphic packages
Le projet PLUME vise à Promouvoir les Logiciels Utiles, Maîtrisés et Economiques dans la communauté de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, l’acronyme dévoilé, après 5 ans de vie qu’en est il du projet ?
PLUME a pour face visible un site internet plutôt austère mais riche, derrière lui se cache (à peine) un projet bénéfique à tous qui consiste à critiquer, tester des logiciels (gratuits- le plus souvent) qui ont des champs d’applications aussi vastes que les domaines de l’investigation scientifique. Le site web hébergé au centre de Calcul IN2P3 de Villeurbanne se divise en deux catégories de fiches :
- des fiches logiciels (classement, descriptions et lien pointant vers l’hébergeur de ceux-ci)
- des fiches ressources (site internet, évènements, documents utiles…)
Les objectifs de PLUME sont multiples et complémentaires :
- mutualiser les compétences sur les logiciels
- promouvoir les développements internes
- animer une communauté autour du logiciel
- promouvoir l’usage des logiciels libres et la contribution à leur élaboration
Ici nous nous focalisons sur les logiciels utiles à l’investigation du vivant. Ainsi, de l’imputation de SNP avec IMPUTE, à l’étude du transcriptome avec GAGG, les logiciels présents sur le site de PLUME, au rayon biologie couvrent une grande partie du spectre des techniques en science de la vie (encore assez peu de logiciels permettant le traitement de données issues de séquençage haut-débit). Non seulement PLUME permet de cataloguer une petite partie de logiciels pertinents en fonction d’une application mais surtout ils sont testés et évalués par la communauté scientifique adhérent à ce projet.
Chaque fiche permet de gagner en temps -vous n’avez pas vous-même à tester un logiciel évaluer par d’autres !
En 2011, le cap des 1000 fiches renseignées a été franchi.
Avec plus de 750 contributeurs, plusieurs dizaine de milliers de visites mensuelles, « PLUME compte en effet devenir rapidement la plate-forme de référence pour les logiciels utilisés ou développés dans les laboratoires de recherche et les universités« .
PLUME permet à tous de gagner du temps… de bénéficier d’informations organisées, d’accès à des logiciels testés, validés etc – un service public, un projet au service de toute la communauté scientifique. Au niveau des logiciels de biologie, à titre d’exemple, nous pouvons citer Cytoscape (outil de visualisation de l’interactome) et SAMtools (solution pour la manipulation d’alignements de séquences). Aujourd’hui 50 fiches de logiciels validés pour la biologie sont accessibles sur le site PLUME.
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
