Le retour du lien du mois : une liste de logiciels d’analyse de données issues de séquençage haut-débit

Cet article est l’occasion de mettre en avant un site plutôt fourni, SEQanswers… un jeu de mots pour une communauté d’utilisateurs de technologie de séquençage haut-débit. Ce site, un peu bouillon, fondé en 2007 par Eric Olivares (qui a travaillé pour Pacific Biosciences) s’adresse aux biologistes moléculaires plus qu’aux bio-informaticiens. Malgré tout, le lien que nous vous présentons ici, renvoie sur la partie Wiki du site SEQanswers. Cette page liste et ordonne en fonction de leurs domaines d’applications les logiciels (gratuits et commerciaux) utiles pour le devenir de vos reads produits par séquençage haut-débit : http://seqanswers.com/wiki/Software/

Cette page est plutôt bien renseignée et vous donnera un large choix de logiciels : vous y trouverez des assemblers de novo, des logiciels pour réaliser du RNAseq (quantification), des logiciels permettant de trouver des pics après ChipSeq… peu de logiciels indispensables sont absents de cette liste qui comporte un peu moins de 500 logiciels…