Mise à jour du PGM, Ion torrent: Version 1.4

L ’évolution de la technologie Ion torrent permet depuis ces derniers jours, d’accéder au format de puce « 316 » succédant à la « 314 ».  Ces puces multiplient par 10 la quantité de données générées à l’issue d’un « run » de séquençage aboutissant ainsi à 100 Mb.

De manière à bénéficier de la capacité totale de ces puces, une mise à jour du serveur, ainsi qu’une configuration du PGM  en version 1.4 sont nécessaires et ont été réalisées ce jour. Ces modifications se traduisent par  une amélioration de l’algorithme d’analyse (basecalling, alignement, …) optimisant le nombre de reads considérées et traitées. Le développement apporté au niveau des « runs » permet désormais d’intégrer des « reads » de plus grande taille (jusqu’à 200b environ) directement lié à une amélioration de la précision de séquençage.

Impact de la version1.4 à travers le report d'un "run"

Techniquement, quelques modifications au niveau du PGM ont conduit au remplacement de certaines tubulures (diamètre supérieur aux précédentes) : Cet épisode fut l’occasion de découvrir les entrailles de la machine…