Microbiote & smart city : juxtaposition de tendances

Voici une initiative originale conciliant deux tendances du moment : étude d’un microbiote & le concept de smart city. Saugrenu ? Science tendance ? Projet formaté pour la vulgarisation, la valorisation médiatique ? Quoi qu’il en soit, ce projet nous est plutôt bien vendu, à grand renfort d’infographies, de photographies, de vidéos un peu inquiétantes de personnes en train de réaliser des prélèvements de surface dans le métro. Derrière la communication, l’idée du projet est séduisante : utiliser des données biologiques, en l’occurrence des profils de l’ADNr 16S ou des séquençages génomes entiers définissant un microbiote pour améliorer nos écosystèmes urbains. Il est vrai qu’à une époque où l’on conçoit du mobilier urbain volontairement inconfortable pour ne pas que le passant puisse faire autre chose que passer, il ne semble pas intuitif d’aller chasser le microbiote pour concevoir une ville moins idiote. Même si la ville est le terrain de tous les paradoxes, il est captivant d’observer que cet environnement quotidien, banal, renferme une part de mystère… mystère qui serait à l’origine des odeurs du métro ? quelles espèces bactériennes propres à New York, Paris ou Rome sont à découvrir… quelle ville a le microbiote le plus diversifié ? quelle est celle qui aura le privilège d’héberger le plus de bactéries résistantes aux antibiotiques, la plus propre ou la plus sale ?

En juillet 2017, Stockholm accueillera la 3ème conférence annuelle « Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes (MetaSUB)« , qui rassemblera des chercheurs dédiés à la cartographie du métagénome urbain de plus de 67 villes à travers le monde (dont Paris et Marseille). Ce projet ambitieux a débuté il y a deux ans, alors que le professeur Christopher Mason et son équipe ont réalisé la première étude sur la microflore de surface, dressant le microbiome de la ville de New York. Avec ces données moléculaires essentiellement basées sur le séquençage haut-débit 16S, le projet a étudié la façon dont ce «microbiome urbain» change avec des variables telles que la météo, la propreté, les matériaux de construction et même les niveaux socio-économiques du quartier. L’équipe a cherché à établir des profils de microbiotes dans le métro, à identifier les bio-menaces potentielles et à fournir des données complémentaires qui peut être utilisé par la ville pour créer une «ville intelligente», c’est-à-dire qui agrège des données hétérogènes pour améliorer son urbanisme.

Près de la moitié (48%) de l’ADN séquencé ne correspondait pas aux organismes connus, soulignant qu’un microbiota incognita entoure les usagers du métro. Le projet du métro de New York n’était que le début, ce qui a conduit à la création d’un consortium international de laboratoires pour établir une « cartographie » mondiale de microbiomes dans les systèmes de transport en commun notamment.  En cliquant sur la capture d’écran ci-dessous, on pourra se faire une idée de la communication « Metasubienne » qui n’a rien à envier à celle de Tara Oceans ou de MetaHit (qui sont toutes trois, d’excellentes communications autour d’un projet et d’un consortium).

Voici en quelques mots les promesses annoncées dans l’article Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics (Cell Syst, 2016) :

« La région métropolitaine de New York City (NYC) est un endroit idéal pour entreprendre une étude métagénomique à grande échelle car c’est la plus grande et la plus dense des États-Unis; 8,2 millions de personnes vivent sur une masse continentale de seulement 755 km2. En outre, le métro de New York est le plus grand système de transport en commun dans le monde (par le nombre de stations), qui s’étend sur plus de 406 km et utilisé par 1,7 milliard de personnes par an. Ce vaste écosystème urbain est une ressource précieuse qui nécessite un suivi pour le maintenir et le sécuriser contre les actes de bioterrorisme, les perturbations environnementales ou les épidémies. Ainsi, nous avons cherché à caractériser le métagénome de NYC en examinant le matériel génétique des microorganismes et d’autres ADN présents dans, autour et au-dessous de New York, en mettant l’accent sur les métros et les zones publiques très empruntés. Nous envisageons cela comme une première étape vers l’identification des menaces biologiques potentielles, la protection de la santé des New-Yorkais et la mise à disposition de données moléculaires qui pourront être utilisée par la ville pour créer une «ville intelligente», c’est-à-dire celle qui utilise des données de grande dimension pour améliorer l’urbanisme, la gestion de l’environnement bâti, des transports en commun et de la santé humaine. »